Está constituida por las asociaciones afiliadas las cuales, mediante los acuerdos adoptados en Asamblea General, marcarán las directrices, normativas de funcionamiento de régimen interior y las actividades a realizar por la misma. Algunas federaciones de ámbito nacional constituyen federaciones Regionales o Autonómicas a fin de coordinar las actividades de las entidades locales situadas en los límites de su actuación, ya sean provinciales, regionales o autonómicos.
Para el cumplimiento y desarrollo de sus fines la Asamblea General elige una Junta Directiva que será la encargada de la administración de la Federación y de llevar a efecto el cumplimiento de sus Estatutos y los acuerdos adoptados en Asamblea General. Para el desarrollo de sus actividades las entidades miembros abonan una cuota anual, en la cuantía establecida por la Asamblea General.
Es la encargada de tramitar y facilitar a las entidades afiliadas la documentación o medios necesarios para el desarrollo de las actividades de cría de los asociados: carnés de criador nacional, las anillas federadas para el marcaje de los pájaros, revistas o publicaciones que se puedan editar, etc.
Los carnés de criador nacional serán expedidos por la Directiva de la Federación asignando un número de orden a cada criador. Este número será personal e intransferible (salvo casos muy concretos recogidos en la Normativa correspondiente), y constará de solamente cifras numéricas o siglas alfabéticas seguidas de cifras numéricas, según exija la cantidad de carnés que sea necesario expedir. Este número asignado al criador constará en las anillas federadas que solicite para el marcaje y control de sus ejemplares. En la documentación administrativa de la Federación figurará un registro o censo de criadores nacionales en el que constará la identidad de cada criador, el número asignado y las bajas que se produzcan.
El marcaje de los pájaros es tan necesario y de tal importancia para el desarrollo de nuestra actividad, que merece ser tratado y reglamentado de forma independiente para conocimiento y cumplimiento por las asociaciones y criadores. La Federación dispondrá de un registro de las anillas tramitadas a los criadores de las asociaciones afiliadas.
La Federación contará para el desarrollo de sus fines con cuántos órganos se consideren necesarios por la Asamblea General. De esta forma contará con el Colegio Oficial de Jueces como órgano técnico para la realización de las actividades de carácter pedagógico y para llevar a cabo las funciones de enjuiciamiento (valoración y calificación) de los ejemplares presentes en los concursos.
Los jueces son criadores que cumpliendo las condiciones establecidas en el Reglamento del Colegio y tras superar una prueba o test de aptitud, y abonar una cuota por matriculación en el curso de capacitación y derechos de examen, realizan un curso de capacitación con los profesores de la Escuela de Ornitología del Colegio Oficial de Jueces a fin de obtener los conocimientos técnicos necesarios sobre la especialidad que elijen. Una vez finalizado el curso deben superar unas pruebas teóricas y prácticas, para obtener su título y acreditación de juez nacional.
El Colegio Oficial de Jueces ejercerá sus funciones de conformidad con lo establecido en la normativa de su Reglamento de Régimen Interior y lo dispuesto en los Estatutos de la Federación a la que pertenezca, que tendrán consideración de norma de rango superior.
Las federaciones, ya sean de ámbito autonómico o nacional, pueden agruparse y constituir una Confederación Nacional, con el fin de realizar actividades de forma conjunta, sin perder autonomía en su funcionamiento de régimen interior.